Interessanterweise haben Barnett et al. (2005) lieferten molekulare Beweise dafür, dass das ausgestorbene nordamerikanische Felid Miracinonyx trumani mit einer geschätzten Divergenzzeit von 3,19 MEZ der engste Verwandte des Puma ist. Dieser Befund würde die Hypothese eines nordamerikanischen Ursprungs für den Puma stützen, mit anschließender Besiedlung Südamerikas durch puma berlin diese Art parallel zu der des Jaguarundi. In einer gründlichen Untersuchung der Puma-Phylogeographie untersuchten Culver et al. (2000) untersuchten die gegenwärtige und historische genetische Vielfalt dieser Art anhand einer großen Stichprobe von Individuen aus ihrem gesamten Verbreitungsgebiet.
Diese Studie zeigte, dass die meisten der 32 klassischen puma blau Puma-Unterarten nicht definierbaren genetischen Einheiten entsprachen und reduzierte die Anzahl der erkannten Unterarten auf sechs. Vier dieser Unterarten wurden in Südamerika verbreitet, was darauf hinweist, dass der größte Teil der historischen Unterteilung der Arten auf diesem Subkontinent vorlag. Darüber hinaus wurde festgestellt, dass die genetische Vielfalt in Südamerika größer ist als in Mittel- und Nordamerika, was darauf hindeutet, dass die Pumas des letztgenannten Subkontinents tatsächlich von einem kürzlichen Wiederbesiedlungsereignis herrühren, das auf das Aussterben in Nordamerika im späten Pleistozän zurückzuführen ist (ca. Vor 10.000 12.000 Jahren).
Um einen Marker auszuwählen, der puma blaze geeignete Informationen liefert, haben wir zunächst die in früheren Studien verwendeten mtDNA-Fragmente untersucht, insbesondere diejenigen, an denen neotropische Feliden beteiligt waren (z. B. Eizirik et al., 1998, 2001; Johnson et al., 1998, 1999; Culver et al 2000). Wir haben die ca. ausgewählt. 750 bp langes Fragment des ND5-Gens von Trigo et al. (2008), womit der Informationsgehalt dieses Markers gegenüber der bisherigen phylogeografischen Untersuchung des Puma erheblich gesteigert wurde (Culver et al., 2000). Schließlich war die Verfügbarkeit von ND5-Sequenzen für das ausgestorbene felide Miracinonyx trumani (Barnett et al., 2005) ein weiterer Vorteil dieses Segments, der die Einbeziehung dieses fossilen Taxons in einige Analysen ermöglichte.
Um den Erwartungen des Yule-Prozesses besser zu entsprechen, haben wir nur fünf unterschiedliche Puma-Haplotypen zusammen mit den beiden hier erzeugten Jaguarundi-Sequenzen eingeschlossen. Um die molekulare Uhr zu kalibrieren, nahmen wir an, dass Puma und Jaguarundis zwischen 3,16 und 6,01 MYA (95% HPD der Schätzung von Johnson et al. (2006) unter Verwendung einer nuklearen Supermatrix) auseinander gingen. Wir verwendeten eine Uniform, bevor wir diese Alter als konservative Mindest- bzw. puma blue Höchstgrenzen verwendeten. Der letzte Lauf basierte auf 10 8 MCMC-Generationen, wobei alle 10 4 Schritte Proben entnommen und die ersten 10 4 Schritte als Burn-In entfernt wurden.
Die zweite Reihe von Tieranalysen zielte darauf ab, die Zeit des jüngsten gemeinsamen Vorfahren (t MRCA) verschiedener Gruppen von Proben abzuleiten und die demografische Geschichte der Pumas zu rekonstruieren, indem die Schwankungen der Bevölkerungsgröße in der Vergangenheit über das Bayesian Skyline Plot geschätzt wurden ( BSP) -Ansatz (Drummond et al., 2005). Wir gingen von einem Baum mit Bayes-Skyline und einer strengen molekularen Uhr aus,
deren Entwicklungsrate auf der Schätzung aus der ersten Analyserunde beruhte.